En este caso, un preprocesador de texto como M4 o cualquier preprocesador de lenguaje C puede ser útil.
Si tiene lo siguiente en el archivo tables.sql:
define(UUID, char(32))
create table mytable1 (my_uuid UUID);
create table mytable2 (my_uuid UUID);
Corriendo
$ m4 tables.sql
obtendrás:
create table mytable1 (my_uuid char(32));
create table mytable2 (my_uuid char(32));