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PHP/mysql obtiene el número de filas afectadas de la instrucción UPDATE

si está utilizando PDO (que recomendaría), para una consulta directa exec() devuelve el número de filas afectadas. para Declaraciones preparadas hay un método llamado rowCount() .

si está utilizando las funciones mysql , hay mysql_affected_rows() .

EDITAR:
Parece que estás usando las funciones mysql. mysql_num_rows , que es lo que está usando, devuelve la longitud de su conjunto de resultados (para SELECT-Statements, por ejemplo). lo que necesita usar es mysql_affected_rows (como ya se ha dicho).