UTF-8 sin duda. Haz todo UTF-8. Para poner texto codificado en UTF-8 en su página web, use esto dentro de su etiqueta HEAD:
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
En cuanto a MySQL, coloque lo siguiente en su archivo my.cnf (config):
[mysqld]
collation_server=utf8_unicode_ci
character_set_server=utf8
default-character-set=utf8
default-collation=utf8_general_ci
collation-server=utf8_general_ci
Si obtiene caracteres basura de la base de datos de consultas ejecutadas por su aplicación, es posible que deba ejecutar estas dos consultas antes obteniendo su texto en japonés:
SET NAMES utf8
SET CHARACTER SET utf8
