El --link flag se considera una función heredada, debe usar redes definidas por el usuario.
Puede ejecutar ambos contenedores en la misma red:
docker run -d --name php_container --network my_network my_php_image
docker run -d --name mysql_container --network my_network my_mysql_image
Cada contenedor en esa red podrá comunicarse entre sí utilizando el nombre del contenedor como nombre de host.
