PHP MySQL:guardar PDF en la base de datos

La respuesta está ahí, en su código:

// Close and output PDF document
// **This method has several options**, check the source code documentation for more information.
$pdf->Output('example_001.pdf', 'I');

De la documentación :

Entonces, cambia tu código así:

$pdffilecontent = $pdf->Output('', 'S');

y guarde esa cadena en la base de datos