Intenta abusar de INET_ATON función para hacer la clasificación así:
SELECT version_number FROM table ORDER BY INET_ATON(SUBSTRING_INDEX(CONCAT(version_number,'.0.0.0'),'.',4))
Este truco se publicó originalmente en la lista de correo de mysql ¡Muchas gracias al cartel original, Michael Stassen!
Esto es lo que tenía que decir:
En este último caso, recomienda una solución similar a la publicada por @spanky (columnas separadas).
