Las fechas/horas se almacenan en mysql de la misma manera, independientemente de cómo estén formateadas.
Creo que lo que quieres hacer es recuperar la fecha en un formato específico.
DATE_FORMAT() hará esto por usted.
http://dev .mysql.com/doc/refman/5.1/en/date-and-time-functions.html#function_date-format
%r y %T son formatos de hora de 12 y 24 horas respectivamente.