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Eliminar todos los caracteres no numéricos de un campo

No hay ninguna función "incorporada" que realice esta operación en MySQL.

Una opción es crear su propia función almacenada (si tiene suficientes privilegios en la base de datos).

 DELIMITER $$

 DROP FUNCTION IF EXISTS `uf_only_digits`$$

 CREATE FUNCTION `uf_only_digits`(as_val VARCHAR(65535))
 RETURNS VARCHAR(65535)
 DETERMINISTIC
 BEGIN
   DECLARE retval VARCHAR(65535);
   DECLARE i INT;
   DECLARE strlen INT;
   -- shortcut exit for special cases
   IF as_val IS NULL OR as_val = '' THEN
     RETURN as_val;
   END IF;
   -- initialize for loop
   SET retval = '';
   SET i = 1;
   SET strlen = CHAR_LENGTH(as_val);
 do_loop:
   LOOP
     IF i > strlen THEN
       LEAVE do_loop;
     END IF;
     IF SUBSTR(as_val,i,1) IN ('0','1','2','3','4','5','6','7','8','9') THEN
       SET retval = CONCAT(retval,SUBSTR(as_val,i,1));
     END IF;
     SET i = i + 1;
   END LOOP do_loop;
   RETURN retval;
 END$$

 DELIMITER ;

Y asegúrese de probar esto antes de usarlo como declaración de ACTUALIZACIÓN.

 SELECT t.foo
      , uf_only_digits(t.foo)
   FROM ( SELECT '' AS foo
          UNION ALL SELECT ' x'
          UNION ALL SELECT 'a1b2'
          UNION ALL SELECT '1-888-555-1212 ext 213'
          UNION ALL SELECT '1-800-FLOWERS'
        ) t

Devoluciones:

 foo                     uf_only_digits(t.foo)  newlen  
 ----------------------  ---------------------  --------
                                                       0
  x                                                    0
 a1b2                    12                            2
 1-888-555-1212 ext 213  18885551212213               14
 1-800-FLOWERS           1800                          4

(Las últimas dos filas podrían darnos una pausa para reconsiderar lo que realmente queremos lograr. Si fuera yo, crearía una nueva columna y guardaría el valor existente en ella antes de hacer una ACTUALIZACIÓN).

 -- new column same size as `phone` column
 ALTER TABLE mytable ADD COLUMN orig_phone VARCHAR(40) NULL 
   COMMENT 'original phone value, before update to all digits';

 UPDATE mytable t
    SET t.orig_phone = t.phone ;

 UPDATE mytable t
    SET t.phone = uf_only_digits(t.phone) ;