Debes unirte con user_meta una vez por cada atributo que desee hacer coincidir.
SELECT u.*
FROM users AS u
JOIN user_meta AS m1 ON u.id = m1.userID
JOIN user_meta AS m2 ON u.id = m2.userID
WHERE m1.meta_key = 'companyID' AND m1.meta_value = :companyID
AND m2.meta_key = 'user_type' AND m2.meta_value = 'staff'
