UPDATE
TableName
SET
column01 = CASE column01 WHEN '' THEN NULL ELSE column01 END,
column02 = CASE column02 WHEN '' THEN NULL ELSE column02 END,
column03 = CASE column03 WHEN '' THEN NULL ELSE column03 END,
...,
column99 = CASE column99 WHEN '' THEN NULL ELSE column99 END
Esto todavía lo hace manualmente, pero es un poco menos doloroso que lo que tiene porque no requiere que envíe una consulta para todas y cada una de las columnas. A menos que quiera tomarse la molestia de escribirlo, tendrá que soportar una cierta cantidad de dolor al hacer algo como esto.
Editar:se agregó el END
s