AFAIK, la única forma de hacer copias de seguridad incrementales es mediante el registro binario. Tiene otras opciones si desea realizar copias de seguridad completas (copia en caliente de InnoDB), pero incremental significa que necesita registrar todas las transacciones realizadas.
Debe preguntarse por qué está haciendo una copia de seguridad de los datos. Dado que tiene un esclavo para la replicación, supongo que la copia de seguridad es principalmente para revertir datos en caso de eliminación accidental.
Probablemente rotaría los registros cada 1 hora y haría una copia de seguridad de ellos. Es decir, la restauración dejaría los datos con una antigüedad máxima de 1 hora y puede restaurar a cualquier punto en el tiempo desde la última instantánea completa.
