Eliminar de una tabla con unión

No estoy seguro de su requerimiento. Lo que entendí de su pregunta es que desea eliminar todos los correos electrónicos de trabajos que están cerrados. Intente con este;

DELETE e FROM emailNotification e 
LEFT JOIN jobs j ON j.jobId = e.jobId 
WHERE j.active = 1 AND CURDATE() < j.closeDate