Esta no es una solución relacionada con MySQL en sí misma, pero hemos tenido mucho éxito con un producto llamado liquibase. (http://www.liquibase.org/ )
Es una solución de migración que cubre muchos proveedores de bases de datos diferentes, lo que permite que todos los cambios de la base de datos se codifiquen en archivos de configuración, todos los cuales se guardan en Subversion. Dado que toda la configuración se guarda en archivos XML, es fácil fusionar los cambios de otras personas en el script principal y funciona bien con etiquetas y ramas.
La base de datos se puede actualizar al nivel de revisión actual ejecutando el comando "actualizar base de datos". La mayoría de los cambios también tienen la capacidad de revertir un cambio en la base de datos, lo que también puede ser útil. Recomendaría seguir la práctica de asegurarse de actualizarse antes de ejecutar la migración, ya que probablemente sea más fácil.
Finalmente, cuando se trata de una entrega de producción, puede optar por tener todos los cambios de la base de datos como un script SQL completo para que pueda permitir que los DBA lo ejecuten y mantengan una separación de funciones.
Hasta ahora, ha funcionado a las mil maravillas.