Me encontré con este mismo problema, pero creo que sé qué está causando la confusión. Si usa MySQL Query Analyzer, puede hacerlo bien:
SELECT myvalue
INTO @myvar
FROM mytable
WHERE anothervalue = 1;
Sin embargo, si coloca esa misma consulta en MySQL Workbench, arrojará un error de sintaxis. No sé por qué serían diferentes, pero lo son.
Para solucionar el problema en MySQL Workbench, puede volver a escribir la consulta de esta manera:
SELECT @myvar:=myvalue
FROM mytable
WHERE anothervalue = 1;