¿Cómo encontrar todas las relaciones entre todas las tablas mysql?

La mejor manera, desde el punto de vista de la programación, es recopilar datos de INFORMATION_SCHEMA.KEY_COLUMN_USAGE tabla de la siguiente manera:

SELECT 
  `TABLE_SCHEMA`,                          -- Foreign key schema
  `TABLE_NAME`,                            -- Foreign key table
  `COLUMN_NAME`,                           -- Foreign key column
  `REFERENCED_TABLE_SCHEMA`,               -- Origin key schema
  `REFERENCED_TABLE_NAME`,                 -- Origin key table
  `REFERENCED_COLUMN_NAME`                 -- Origin key column
FROM
  `INFORMATION_SCHEMA`.`KEY_COLUMN_USAGE`  -- Will fail if user don't have privilege
WHERE
  `TABLE_SCHEMA` = SCHEMA()                -- Detect current schema in USE 
  AND `REFERENCED_TABLE_NAME` IS NOT NULL; -- Only tables with foreign keys

Hay más información de columnas como ORDINAL_POSITION que podría ser útil dependiendo de su propósito.

Más información: http://dev.mysql.com /doc/refman/5.1/en/key-column-usage-table.html