¿Cómo CARGAR EL ARCHIVO DE DATOS en mysql con la primera columna como Incremento automático?

Lo mejor que puede hacer es simplemente incluir las 2 columnas que no se incrementan automáticamente en el CSV y luego establecer explícitamente la columna ID en NULL en la declaración del archivo de datos de carga.

Algo como esto:

LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv'
INTO TABLE your_table
FIELDS TERMINATED BY ','
(AField, BField)
SET ID = NULL;