Yo tuve el mismo problema. En mi caso, simplemente ejecuté el siguiente comando conectado en mi base de datos por Workbench:
SET SESSION old_passwords=0;
SET PASSWORD FOR my_user=PASSWORD('my_password');
Después de eso, pude conectarme usando MySql Connector 6.6.5 en el código c# con la cadena de conexión mysql común:
"server=my_server_ip;user=my_user;database=my_db;port=3306;password=my_password;"