Debes editar tu my.cnf y asegúrese de tener el puerto configurado como en la siguiente línea:
port = 3360
Luego reinicie su servicio MySQL y debería estar listo para comenzar. No hay ninguna consulta que pueda ejecutar para realizar este cambio porque el port no es una variable dinámica (q.v. aquí para la documentación de MySQL
mostrando una tabla de todas las variables del sistema).
