También tuve el mismo problema en el pasado. Todo sucedió después de mover los archivos de la base de datos a una nueva ubicación y después de actualizar el servidor mysql. Todas las tablas con motor InnoDB desaparecieron de mi base de datos. Estaba tratando de recrearlos, pero mysql me dijo 1146: Table 'xxx' doesn't exist todo el tiempo hasta que recreé mi base de datos y reinicié el servicio mysql.
Creo que es necesario leer sobre los binarios de tablas de InnoDB.
