La construcción IF/THEN/ELSE que está utilizando solo es válida en funciones y procedimientos almacenados. Su consulta deberá reestructurarse porque no puede usar la función IF() para controlar el flujo de la cláusula WHERE de esta manera.
La función IF() que se puede usar en consultas está diseñada principalmente para usarse en la parte SELECCIONAR de la consulta para seleccionar diferentes datos en función de ciertas condiciones, no tanto para usarse en la parte DONDE de la consulta:
SELECT IF(JQ.COURSE_ID=0, 'Some Result If True', 'Some Result If False'), OTHER_COLUMNS
FROM ...
WHERE ...
