Puede hacer que MySQL establezca valores para ciertas columnas durante la importación. Si su id está configurado en incremento automático, puede configurarlo en nulo durante la importación y MySQL le asignará valores incrementales. Intente poner algo como esto en la pestaña SQL en phpMyAdmin:
LOAD DATA INFILE 'path/to/file.csv' INTO TABLE your_table FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '\n' SET id=null;
