Tal vez podría crear una tabla de indexación que proporcione una clave secuencial relacionada con la clave en su tabla de destino. Luego, puede unir esta tabla de indexación a su tabla de destino y usar una cláusula where para obtener de manera más eficiente las filas que desea.
#create table to store sequences
CREATE TABLE seq (
seq_no int not null auto_increment,
id int not null,
primary key(seq_no),
unique(id)
);
#create the sequence
TRUNCATE seq;
INSERT INTO seq (id) SELECT id FROM mytable ORDER BY id;
#now get 1000 rows from offset 1000000
SELECT mytable.*
FROM mytable
INNER JOIN seq USING(id)
WHERE seq.seq_no BETWEEN 1000000 AND 1000999;