Ejecute esta instrucción SQL (en el cliente MySQL, phpMyAdmin o donde sea) para recuperar todas las tablas MyISAM en su base de datos.
Reemplace el valor de name_of_your_db
variable con el nombre de su base de datos.
SET @DATABASE_NAME = 'name_of_your_db';
SELECT CONCAT('ALTER TABLE `', table_name, '` ENGINE=InnoDB;') AS sql_statements
FROM information_schema.tables AS tb
WHERE table_schema = @DATABASE_NAME
AND `ENGINE` = 'MyISAM'
AND `TABLE_TYPE` = 'BASE TABLE'
ORDER BY table_name DESC;
Luego, copie la salida y ejecútela como una nueva consulta SQL.