Inicie el generador de perfiles con
SET profiling = 1;
Luego ejecute su consulta.
Con
SHOW PROFILES;
verá una lista de consultas para las que el generador de perfiles tiene estadísticas. Y finalmente eliges con qué consulta examinar
SHOW PROFILE FOR QUERY 1;
o el número que tenga tu consulta.
Lo que obtiene es una lista donde exactamente cuánto tiempo se dedicó durante la consulta.
Más información en el manual.