Encontré la razón por la cual la conexión no funcionaba, era porque la conexión intentaba conectarse al puerto 8888, cuando necesitaba conectarse al puerto 8889.
$conn = new PDO("mysql:host=$servername;port=8889;dbname=AppDatabase", $username, $password);
Esto solucionó el problema, aunque cambiar el nombre del servidor a localhost todavía da el error.
Conexión fallida:SQLSTATE[HY000] [2002] No existe tal archivo o directorio
Pero se conecta con éxito cuando se ingresa la dirección IP para el nombre del servidor.
