SET SESSION group_concat_max_len = 1000000;
es una configuración temporal, de ámbito de sesión. Solo se aplica a la sesión actual. Debe usarlo así.
SET SESSION group_concat_max_len = 1000000;
select group_concat(column) from table group by column
Puede hacer esto incluso compartiendo alojamiento, pero cuando usa otra sesión, debe repetir SET SESSION
comando.