Tal vez solo una sesión de Oracle bloquee otra. En este caso, la sesión de "consola" bloquea la sesión de la aplicación Java. Intente COMMIT en su sesión de "Oracle DB console".
Cuando elimina algunas filas de una sesión sin comprometerse y luego intenta eliminar las mismas filas de otra sesión (aplicación Java), se bloqueará hasta que la primera sesión se confirme (o retroceda).