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SQL para eliminar los duplicados en una tabla

Probablemente sería más eficiente hacer algo como

DELETE FROM transaction t1
 WHERE EXISTS( SELECT 1
                 FROM transaction t2
                WHERE t1.date = t2.date
                  AND t1.refnumber = t2.refnumber
                  AND t1.parentFolderId = t2.parentFolderId
                  AND t2.id > t1.id )