¿Tomcat no puede encontrar gdk_custom.jar, Oracle no puede crearlo?

No necesitamos crear gdk_custom.jar .

Todo lo que necesitamos es evitar que Tomcat lo busque. Desde Tomcat 8.0.38 está escaneando por defecto . Deberíamos apagar el escáner. Por lo tanto, no verá demasiadas advertencias y el lanzamiento del servidor será más rápido.

agregue la siguiente línea en tomcat/conf/context.xml :

<Context>
  ...
  <JarScanner scanManifest="false"/>
</Context>