Dejando de lado el consejo obvio de simplemente almacenar cada archivo como un BLOB separado...
Me parece que tienes dos opciones. Almacene la longitud de cada archivo en algún lugar y utilícelo para controlar la cantidad de datos que lee del BLOB; o ponga algún valor delimitador en el BLOB entre los archivos. El delimitador me parece una peor opción:debe elegir un valor que garantice que no estará presente en los datos del archivo y debe leer bytes individuales para encontrar el delimitador.
Así que guarda las longitudes. Y probablemente los nombres de archivo. Lo que implica una tabla secundaria con una fila por archivo. Lo que nos lleva de nuevo a la pregunta:¿por qué no almacenar un BLOB en cada una de esas filas, uno por archivo?