all_objects solo le muestra los objetos en los que tiene permisos, no todos los objetos en la base de datos. Debería consultar dba_objects para ver todo, si tiene permisos para hacerlo.
public_dependency parece incluir ID de objeto para los objetos sobre los que no tiene permisos. Los ID de objeto por sí solos no le dicen mucho, por lo que no revela nada sobre los objetos que no puede ver (aparte de que hay algunos objetos que no puede ver).
Por lo tanto, no es extraño que haya una discrepancia aparente entre lo que hacen referencia los dos puntos de vista. Consultando all_dependencies podría darle una imagen más coherente.
