Yo uso SQL Developer al administrar una base de datos Oracle. Simplemente cree la columna y agregue una restricción a la base de datos, por ejemplo:
sql> alter table Employee add constraint Employee_pk primary key(Employee_ID);
Tal vez vea aquí para más detalles.
Editar:
Ahora que lo replanteé, debería poder hacerlo en una migración
add_column :table, :id, :primary_key
A continuación, debe generar algunos datos dentro de la migración. Solo código Ruby que itera y agrega su índice. Ver seed_fu y db-populate por ayuda Rails 3 te permitirá sembrar datos con rake db:seed.
