java.sql.SQLException:ORA-00932:tipos de datos inconsistentes:NÚMERO esperado obtenido BINARIO

Creo que solo necesitas usar

 IN :stringId

en lugar de

 IN (:stringId)

Para JPA

namedQuery.setParameter("stringId", strIds);

es correcto, pero para Hibernate deberías usar

namedQuery.setParameterList("stringId", strIds);