Esto parece funcionar (lo hizo con una consulta simple usando DUAL de todos modos):
UPDATE Table_A SET (Col_One, Col_Two) = (select col_one, col_two from
(WITH OneValue AS (SELECT DISTINCT t.Col_One, T.Col_two
FROM Table_Two t, Table_A a
WHERE t.id = a.New_Id))
SELECT Col_One, Col_Two FROM OneValue)
);
En cuanto a por qué no funciona si la subconsulta comienza con "CON", solo puedo imaginar que se debe a que los diseñadores de Oracle SQL no habían previsto este uso.