Abordando su pregunta simplificada:
Dada una jerarquía como la que ha descrito, si descubro que algunos niveles de la jerarquía son opcionales, me preguntaría si una jerarquía realmente se corresponde bien con mi dominio. Consideraría dibujar mis relaciones de manera diferente o redefinir las entidades en mi esquema.
No creo que sea posible una respuesta más detallada a la pregunta general en un espacio breve como este, ya que determinar la mejor representación de un dominio es a) difícil yb) muy específico para el dominio en particular.
