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Consulta de actualización resultante incorrectamente

Está actualizando cada fila en la tabla company_name/emp.

Puede arreglar eso con una subconsulta correlacionada para asegurarse de que la fila existe, o de manera más eficiente colocando una clave principal o única en bday.empid y consultando:

update (
  select c.dob to_dob,
         d.dob from_dob
  from   company_emp c join dob d on (c.empid = d.empid)
  where  d.dob = date '2011-05-01')
set to_dob = from_dob

Sintaxis no probada.