Está actualizando cada fila en la tabla company_name/emp.
Puede arreglar eso con una subconsulta correlacionada para asegurarse de que la fila existe, o de manera más eficiente colocando una clave principal o única en bday.empid y consultando:
update (
select c.dob to_dob,
d.dob from_dob
from company_emp c join dob d on (c.empid = d.empid)
where d.dob = date '2011-05-01')
set to_dob = from_dob
Sintaxis no probada.