Debe escribir un bucle que ejecute el SQL en fragmentos con 1000 entradas cada uno.
Alternativamente, puede insertar los valores en una tabla y luego hacer una subselección con IN
cláusula, porque con una subselección, la limitación de 1000 entradas no se aplica. Este límite es solo cuando usa un SQL con una cadena de valor codificada.
Algo como esto:
select *
from mytable t
where t.column1 = value
and t.column2 in
(
select my_values
from my_temp_table
)