Oracle SQL para ordenar los números de versión

Esta es una manera de hacerlo. Primero ordene por el número antes de . y luego por los números después de .

select version_number 
from mytable 
order by substr(version_number, 1, instr(version_number,'.')-1) desc
        ,length(substr(version_number, instr(version_number,'.')+1)) desc
        ,substr(version_number, instr(version_number,'.')+1) desc