Para darle la respuesta sobre cómo usar el procesamiento por lotes con fluidez:
1) en la colección
HasMany<MyEntity>(x => x.Entities)
.BatchSize(100);
2) a nivel de clase
public MyEntityMap()
{
Id(x => x....
...
BatchSize(100);
Esto se corresponde con el 19.1.5. Uso de la obtención por lotes