Devuelve 1 en lugar de 0 cuando el resultado de Count(*) es nulo

Estás contando el campo equivocado. Hágalo así, tomando el campo de la tabla externa unida ESTAGIARIO (no de ESTAGIO ):

SELECT ESTAGIO.SK_ESTAGIO, Count(ESTAGIARIO.SK_ESTAGIO) as how_many
 from ESTAGIO
 left join ESTAGIARIO
 on ESTAGIARIO.SK_ESTAGIO = ESTAGIO.SK_ESTAGIO
 group by
    ESTAGIO.SK_ESTAGIO

Por cierto, count nunca puede devolver null .