Sospecho que te encontraste con el mismo problema que yo. Corregí todos mis paquetes a través de la API para que todos indicaran que eran DTS:ProtectionLevel="0" que está desprotegido.
El archivo del proyecto (.dtproj) también tiene un nivel de protección que se establece en DontSaveSensitive. <SSIS:Project SSIS:ProtectionLevel="DontSaveSensitive" xmlns:SSIS="www.microsoft.com/SqlServer/SSIS">
La discrepancia para mí fue que dentro del archivo del proyecto, realiza un seguimiento de demasiada información sobre cada paquete, por lo que si se desplaza hacia abajo, verá una entrada por paquete como <SSIS:Property SSIS:Name="ProtectionLevel">3</SSIS:Property> o cualquiera que sea el número predeterminado. Haz que 0 en el archivo (buscar y reemplazar). Guarde el archivo del proyecto y ahora se compilará.
Es posible que deba realizar Build All para que se construya. Sospecho que VS/SSDT está tratando de usar los datos adicionales que almacena en el archivo .dtproj para determinar si necesita validar todos los paquetes en un proyecto. Dado que editamos el archivo a mano, no activó ningún sensor que normalmente se activaría para indicar que se necesitaba una recompilación completa.
