Intente compilar con el argumento de MSBuild /p:CmdLineInMemoryStorage=true . Esto parece haber solucionado este mismo problema para otros que se encuentran con este problema.
Implementé la corrección en mi compilación de Azure DevOps Pipeline para un proceso de base de datos que también tuvo este error de forma aleatoria y, hasta ahora, parece estar funcionando.
Véase también:
Pregunta SO:Error de comparación de esquema DB :'Almacén de versiones sin memoria'
