No debería haber ningún problema al usar bases de datos con diferentes intercalaciones en un servidor. Uno de nuestros proveedores externos también proporciona una base de datos con una intercalación diferente y esto ha estado funcionando sin problemas desde SQL Server 2000. Sin embargo, deberá especificar explícitamente la intercalación (o usar collation database_default cuando desee unir tablas de las diferentes bases de datos. Desde mi propia experiencia, eso puede tener un gran impacto en el rendimiento. También debe tener cuidado al usar SELECT INTO al crear una nueva tabla, ya que esto puede resultar en una intercalación mixta en una base de datos o tabla.
