Verificaría si sus actualizaciones están dentro de una transacción. Si lo son, podría explicar por qué muere después de una cierta cantidad de datos "modificados". Puede comprobar el tamaño de su "tempdb" como indicador.
También he visto casos en los que, durante transacciones de larga duración, la base de datos moría cuando había otros "usos" al mismo tiempo, nuevamente debido a la transaccionalidad y los niveles de aislamiento inadecuados utilizados.
Si puede dividir su trabajo en partes independientes que no se superpongan, es posible que desee hacerlo:como hacer el trabajo en partes por fechas, rangos de ID de objetos "raíz", etc.
