Ejecute la siguiente consulta:
SELECT 'UPDATE yourtable SET ' + name + ' = NULL WHERE ' + name + ' = '''';'
FROM syscolumns
WHERE id = object_id('yourtable')
AND isnullable = 1;
El resultado de esta consulta será un trozo de script SQL como este:
UPDATE yourtable SET column1 = NULL WHERE column1 = '';
UPDATE yourtable SET column2 = NULL WHERE column2 = '';
UPDATE yourtable SET column3 = NULL WHERE column3 = '';
-- etc...
Copie y pegue ese script SQL en una nueva consulta y ejecútelo para actualizar todas sus columnas.