Si las dos bases de datos están en el mismo servidor, debería poder crear una instrucción SQL similar a esta:
UPDATE Test1.dbo.Employee
SET DeptID = emp2.DeptID
FROM Test2.dbo.Employee as 'emp2'
WHERE
Test1.dbo.Employee.EmployeeID = emp2.EmployeeID
De su publicación, no tengo muy claro si desea actualizar Test1.dbo.Employee
con los valores de Test2.dbo.Employee
(eso es lo que hace mi consulta), o al revés (ya que mencionas el db en Test1
era la nueva mesa......)