Con SQL, ¿puede usar una subconsulta en una cláusula WHERE LIKE?

Puedes probar

SELECT  u.*
FROM    Users u INNER JOIN
        Domains d ON u.UserEmail LIKE '%'+ d.Domain

O incluso intentar

SELECT  u.*
FROM    Users u
WHERE   EXISTS(SELECT 1 FROM Domains d WHERE u.UserEmail LIKE '%' + d.Domain)