unir dos tablas con diferente número de filas (en el servidor sql)

Necesitas usar una FULL OUTER JOIN

Select a.Col1,
       a.Col2,
       a.Col3,
       a.Col4,
       b.Col3,
       b.Col4

From TableA a
Full Outer Join TableB b on a.Col1 = b.Col1
                         And a.Col2 = b.Col2

EDITAR:

"no funciona" no va a ayudar a nadie. Tal vez podría proporcionar más detalles sobre por qué no funciona para usted.

Puede agregar algunos datos de ejemplo y el resultado real esperado a su pregunta.

por ejemplo

Create Table #TableA
(
Col1 
...
)

Insert Into #TableA
Values (...)

Cuanto más clara sea tu pregunta, mejores serán las respuestas. Si las personas no entienden completamente cuál es su problema exacto y el resultado esperado que desea, ¿cómo se supone que le proporcionaremos una respuesta completa y correcta?