¿Por qué? Porque con frecuencia es útil para poder hacer referencia a columnas de la consulta externa en subconsultas. No hay una configuración que pueda usar para desactivar este comportamiento, pero si adquiere el hábito de usar alias, debería evitar la mayoría de los problemas:
select * from #table1 t1
where t1.col1 IN
(select t2.col1 from #table2 t2)
Producirá un error.