Una combinación interna solo devolverá una fila si se encuentran coincidencias en ambos lados de la combinación. Si está buscando algo que devuelva todas las filas de la Tabla 1 pero solo los registros de la Tabla 2 cuando se encuentre una coincidencia, desea una combinación externa izquierda:
select * from Table1 as t1
left outer join Table2 as t2
on t1.RepID = t2.RepID
where t1.Date = @Date
order by t1.Date desc